最初はスペックや値段の比較エントリーを書こうとしたのですが、無理でした…複雑すぎ。なので簡単にシャトルを選ぶべきかフィットを選ぶべきか迷っている人に参考になりそうなエントリーにしたいと思います。
フィットを選ぶべき人
フィットはとにかく安いです。いろいろとあったので値引きも期待できそうです。グレードと色指定でメーカーオプションさえ選ばなければ結構な在庫はあるとみられます。アクアなどと比較している旨を伝えて商談するといいかも。色を選ばなければさらに商談は楽かも。
とにかく使い勝手は半端ない。同系のシャトルはさらに上をいきますが、正直フィットで充分。通常ふたり乗りが多い人はコチラを選ぶべきかと。私は妻とふたり、将来子供をと考えてもフィットで充分かなと考えています。広さに関しては初代フィットで満足しているのもありますから。
シャトルに比べフィットはポップなカラーが多く、見た目の可愛さを重視したい人はコチラかな。
フィットを選ぶポイント
メリット:値段、コンパクトさ、デザインのバランス、ボディカラーの数
デメリット:広さ、質感はシャトルに劣る
シャトルを選ぶべき人
シャトルは荷物がたくさん載る、そして質感がフィットより格段上。フィットでも荷物はたくさん載るのですが、それはふたりで乗った時。なので頻度的に3人以上乗ることが多くて、荷物を積みたい人。そう、みんなでわいわい出かけたい人は断然シャトルだと思います。

車中泊を考えるアクティブな人にとってありがたいのが最大荷室長が1840mmあること。大抵のひとなら真っ直ぐゆったり眠れる広さ。これはさすがにフィットでは無理です。これは大きな選択のポイントになるのでは。
フィットにはない落ち着いた雰囲気も魅力かもしれません。商談はディーラーオプションを追加してもらう方向に持っていくといいかも。
シャトルを選ぶポイント
メリット:ラゲッジの広さ・オプションの豊富さ、高級感、ルーフレール(Zのみ)
デメリット:デザインのバランス、価格
シャトル同クラスでの比較
フィットとの比較だけでなく他のサイトでは同クラスのステーションワゴンとの比較記事が出ています。そちらも合わせて。
シャトルを待っていた人やフィットを買おうとしてたけどもう少し広い方がっていう人は選択肢は決まったようなもの。ただ実際に見てみると広さはフィットで充分だな、という場合も結構あるのでディーラーでは並べられるなら並べて比較してみるといいと思います。シャトルは同クラスではダントツだと思ってます。